原发性痛经发病机制复杂，目前普遍认为，原发性痛经的发生主要与经前子宫内膜合成和释放前列腺素(PGs)异常密切相关。现代医学治疗原发性痛经常采用前列腺素合成酶抑制剂减少PG的释放量，止痛以缓解症状，但具有毒副作用多，易复发，有依赖性等不良后果。中医学称原发性痛经为“痛经”、“经行腹痛”。古有“妇人月水来腹痛者，由劳伤血气，以致体虚，受风冷之气客于胞络，损伤冲任之脉”之论，认为痛经的病因病机系由饮食生冷、情志所伤、起居不慎、先天禀赋不足等原因，导致冲任滞痪、胞宫气血运行不畅或失于濡润，以致“不通则痛”或“不荣则痛”。临床治疗以调理冲任，温经止痛为法。
冲为血海，任主胞胎，胞宫者二脉所主，铺药隔姜灸关元穴区，直通冲任二脉，温经散寒利湿，对气血有补益与温通作用，且为痛经时主要病位，故适应于各证型的痛经;三阴交穴区为足太阴脾经所主，为足三阴经交会穴，与冲任、胞宫、小腹密切相连，故此二穴调控冲任、胞宫气血运行，以濡养经脉而发挥缓急止痛的功效。
关元穴为治疗妇科疾病要穴之一，主治月经不调、痛经、盆腔炎等,该穴位于腹正中线上,脐下3寸,仰卧取穴,功能培补元气,导赤迫淋。
曲骨穴位于腹正中线上,脐下5寸,耻骨联合上缘凹陷处,取穴。功能:通利小便,调经止痛。主治月经不调、痛经、赤白带下等。
子宫穴位于腹正中线上,脐下4寸为中极穴,其旁开3寸为子宫穴,亦仰卧取穴。主治不孕、月经不调、血崩等,功能调经种子、理气止痛。
所选用的关元、曲骨、子宫穴均对治疗痛经有着明显效果,艾灸可温通经络,艾叶辛温,可通经络、逐寒湿,加之点燃后的热作用,可增强其穿透性,从而达到温经散寒、活血逐痹效果,从而充分发挥该方治疗效果。
铺药隔姜灸可有效缓解原发性痛经患者疼痛，疗效显著，且疗效明显，这与铺药隔姜灸的药物、灸材、隔灸物的作用和温热效应均有关。艾灸具有温补之效，对于“寒、虚、湿、瘀”引起的痛经效更佳。艾灸有利于盆腔气血运行增强组织灌流量，同时可降低神经兴奋而提高痛阈可解除子宫痉挛疼痛。
艾灸燃烧时产生的近红外线有较强的穿透力，可使局部的毛细血管充分扩张，局部组织通透性增强，药物离子进入体内，即可对盆腔脏器产生热效应而使局部循环得以改善。