导致子宫腺肌症的病灶本身生理活动和正常的子宫内膜完全一样，都随着月经有周期性的变化，月经后半期子宫内膜高度增厚、充血，而腺肌症的病灶内压力会逐渐增加，月经期间经血聚集在腺肌症的病灶内，#子宫腺肌症#病灶壁承受的压力骤然升高，这样就会导致疼痛。
腺肌症疼痛也与前列腺素、白细胞介素浓度增加，病灶周围粘连、瘢痕收缩、纤维结缔组织的增生以及慢性炎症这几个因素有关联。
腺肌症疼痛程度一般和病变的大小并没有太大的关联，反而与腺肌症的病灶位置有关，当腺肌症病灶普遍集中在神经纤维不密集的地方，病灶长得再大疼痛程度也不会很高。但是病灶在神经纤维丰富的致密组织中，就会引起十分严重的疼痛症状。