本病症状无一具有特征性，诊断有一定困难。对主要症状进行仔细分析，如腹痛、腹泻和体重下降（有人称为三联症状）等的特征，在排除诊断的基础上，寻找支持诊断的“阳性”指标，仍可作出诊断。1.诊断标准（1）临床表现:慢性起病、反复发作的右下腹或脐周腹痛、腹泻，可伴腹部肿块、肠瘘和肛门病变，以及发热、贫血、体重下降、发育迟缓等全身症状。阳性家族史有助于诊断。（2）影像学检查:胃肠道钡剂对比检査可见多发性、节段性炎症伴僵硬、狭窄、裂隙状溃疡、瘘管、假息肉形成及铺路石样改变等。B型超声、CT、磁共振（MRI）可显示肠壁增厚、腹腔或盆腔脓肿等。（3）内镜检査:可见节段性、非对称性的黏膜炎症、纵行或Aphthoid他溃疡、铺路石样改变，可有肠腔狭窄和肠壁僵硬等，病变呈跳跃式分布。超声内镜有助于确定范围和深度，发现腹腔内肿块或脓肿（4）黏膜活检：可见裂隙状溃疡、非干酩性肉芽肿、固有膜底部和黏膜下层淋巴细胞聚集，而隐窝结构正常，杯状细胞不减少，固有膜中量炎性细胞浸润以及黏膜下层增宽。（5）切除标本:可见肠管局限性病变、跳跃式损害、铺路石样外观、肠腔狭窄、肠壁僵硬等特征，镜下除以上病变外，可见穿壁性炎症、肠壁水肿、纤维化以及系膜脂肪包绕病变肠段等改变，局部淋巴结亦可有肉芽肿形成。此外，世界卫生组织结合临床、X线、内镜和病理表现，推荐6个诊断要点（表42-1）。在排除肠结核、阿米巴痢疾、耶尔森菌感染等慢性肠道感染、肠道淋巴瘤、憩室炎、缺血性肠炎、放射性肠炎和Behcet病等的基础上：具有诊断要点①节段性病变/②铺路石或裂隙状溃疡/伞全壁性炎症者为疑诊，再加上非干酪性肉芽肿/裂沟、瘘管/肛门病变3项中之任何1项者可确诊。有非干酪性肉芽肿者，只要加上①、②、③3项中的任何2项亦可确诊。根据临床表现，若影像学、内镜和病理符合，可诊断为本病。根据临床表现，若影像学或内镜符合，可以拟诊为本病。临床表现符合为可疑，应安排进一步检査。初发病例、临床与影像或内镜和活检改变难以确诊时，应随访3~6个月。如与肠结核混淆不清者应按肠结核作诊断性治疗，以观后效。
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